آیاتی از قرآن است که درباره امام علی(ع) نازل شده یا امام علی(ع) مصداق آن معرفی شده است. از ابن‌عباس نقل شده که آن مقدار از قرآن که درباره علی(ع) نازل شده، درباره هیچ‌کس نازل نشده است. همچنین ابن‌عباس از رسول خدا(ص) نقل کرده که خدا آیه‌ای را نازل نکرد که در آن «یا أیها الذین آمنوا» باشد، مگر آنکه علی در رأس مؤمنان و امیر آنان است. او نزول بیش از ۳۰۰ آیه را در مدح علی(ع) دانسته است. برخی از فضایل قرآنی امام علی عبارت‌اند از:

۱. آیه ولایت: آیه ۵۵ سوره مائده است که از ولایت خدا، پیامبر(ص) و اقامه‌کنندگان نماز و زکات، بر مسلمانان سخن می‌گوید. مفسران شیعه و سنی، شأن نزول این آیه را ماجرای خاتم‌بخشی حضرت علی(ع) دانسته‌اند که در آن در حال رکوع، انگشتر خود را به فقیر بخشید.

۲. آیه شراء: آیه ۲۰۷ سوره بقره، کسانی را ستوده است که حاضرند جان خود را در ازای به‌دست‌آوردن رضایت خداوند فدا کنند. به‌گفته ابن ابی‌الحدید عالم معتزلی، همه مفسران بر این باورند که این آیه در فضیلت امام علی(ع) نازل شده است.  علامه طباطبایی نوشته است: طبق روایات این آیه درباره ماجرای لیلة المَبیت نازل شده است.  در لیلة المبیت مشرکان قصد داشتند به خانه پیامبر اسلام(ص) در مکه حمله کنند و او را به قتل برسانند. در این شب، امام علی(ع) برای حفظ جان پیامبر در بستر او خوابید.

۳. آیه تبلیغ: آیه ۶۷ سوره مائده است که براساس آن، پیامبر اسلام(ص) موظف شد پیامی را به مردم ابلاغ کند که اگر در رساندن آن کوتاهی کند، رسالت پیامبریِ خود را به‌انجام نرسانده است. [۱۵] به‌گفته مفسران شیعه و سنی، آیه تبلیغ پس از بازگشت پیامبر از حجة‌الوداع در غدیر خم نازل شده است.  در روایات، شأن نزول آیه تبلیغ واقعه غدیر و اعلام جانشینی حضرت علی دانسته شده است.

۴. آیه اِکمال : آیه ۳ سوره مائده است که از کامل‌شدن دین اسلام سخن می‌گوید.  به‌گفته آیت الله مکارم، مفسر شیعه، در تفاسیر شیعه منظور از کامل‌شدن دین، اعلام ولایت و خلافت امام علی(ع) بر مسلمانان دانسته شده و روایات هم آن را تأیید می‌کند.  عالمان شیعه بر این باورند که آیه اکمال درباره واقعه غدیر نازل شده است.

۵. آیه صادقین: آیه ۱۱۹ سوره توبه است که به مؤمنان دستور می‌دهد همراه صادقین باشند و از آنان پیروی کنند.  در روایات شیعه، صادقین به اهل بیت(ع) تفسیر شده است.  محقق طوسی این آیه را از دلایل امامت علی(ع) دانسته است.

۶. آیه خیر البریه: آیه هفتم سوره بینه است که کسانی را که ایمان آورده و عمل صالح انجام داده‌اند، برترین آفریدگان معرفی می‌کند.  براساس روایاتِ شیعه و سنی، این گروه به امام علی(ع) و شیعیان او هستند.
۷. آیه صالح‌المؤمنین: آیه ۴ سوره تحریم است که در آن خداوند علی(ع)، جبرئیل و دیگر فرشتگان را، پشتیبان پیامبر اسلام(ص) قرار داده است. در تفاسیر با استناد به روایاتی از طریق فریقین،  تنها مصداق صالح‌المومنین امام علی(ع) معرفی شده است.

۸. آیه انفاق:‌ آیه ۲۷۴ سوره بقره است. این آیه پاداش کسانی را که در شب و روز، و نهان و آشکارا، انفاق می‌کنند، نزد پروردگارشان دانسته است.  به‌گفته مفسران، این آیه درباره علی(ع) نازل شده که چهار درهم داشت و یکی را در شب انفاق کرد، یکی را در روز، یکی را در نهان و یکی را آشکارا.

۹. آیه نجوا: آیه ۱۲ سوره مجادله است که به مسلمانان ثروتمند دستور می‌دهد قبل از نجوا (گفتگوی سری) با پیامبر اسلام(ص)، باید صدقه بدهند.  به‌گفته طبرسی بیشتر مفسران شیعه وسنی امام علی(ع) را تنها کسی دانسته اند که به این آیه عمل کرده است.

۱۰. آیه وُدّ : آیه ۹۶ سوره مریم است که طبق آن خداوند محبت مؤمنان را در دل دیگران قرار می‌دهد.  برپایه برخی روایات، پیامبر(ص) از علی خواست بگوید؛ خدایا محبت من را در دل مؤمنان قرار بده. بعد از این درخواست، آیه ود نازل شد.

۱۱. آیه مباهله: آیه ۶۱ سوره آل عمران است که ماجرای مباهله پیامبر(ص) با مسیحیان نجران را بیان می‌کند. بنابر تفاسیر، امام علی(ع) در این آیه به‌منزله نَفْس و جان پیامبر(ص) معرفی شده است.

۱۲. آیه تطهیر: بخشی از آیه ۳۳ سوره احزاب است که در آن از اراده خداوند بر پاکی اهل بیت(ع) از رجس و پلیدی سخن آمده است. مفسران شیعه معتقدند این آیه در خصوص اصحاب کساء نازل شده است.

۱۳. آیه اولی الامر: آیه ۵۹ سوره نساء است که مؤمنان را به اطاعت از خدا و رسول خدا(ص) و اولی ‌الأمر دستور می‌دهد.  از نظر مفسران شیعه و سنی آیه مذکور بر عصمت اولی‌ الأمر دلالت دارد. [۳۷] در روایات منظور از اولی‌الأمر امامان شیعه معرفی شده است.

۱۴. آیه مودت: آیه ۲۳ سوره شوری است. در این آیه، مودت و محبتِ «اَلْقُرْبیٰ» به‌عنوان مزد رسالت پیامبر بر مسلمانان واجب شده است.  از ابن‌عباس نقل شده که پیامبر منظور از القربی را علی، فاطمه، حسن و حسین بیان کرده است.

۱۵. آیه اطعام: آیه ۸ سوره انسان است. این آیه نیکوکاران را کسانی معرفی می‌کند که با آنکه خودشان به غذا نیاز دارند آن را به‌خاطر خدا به مسکین، یتیم و اسیر می‌دهند.  بنابر روایات این آیه، درباره بخشش امام علی(ع) و حضرت زهرا(س) نازل شد.  طبق احادیث، حضرت علی(ع)، فاطمه(س) و خادم آنان فضه به‌خاطر شفای حسنین(ع) سه روز روزه گرفتند و هر سه روز هنگام افطار با اینکه خود گرسنه بودند، بخشی از غذایشان را به مسکین و یتیم و اسیر بخشیدند.

۱۶. آیه اهل‌الذکر: آیه ۴۳ سوره نحل و ۷ سوره انبیاء است که بر پرسیدن سؤال از اهل ذکر تأکید می‌کند.  برپایه برخی روایات، اهل ذکر منحصر در اهل‌بیت پیامبر است.